El macizo de El Cajas se encuentra ubicado en la parte más cercana de los Andes ecuatorianos al océano Pacífico, lo que hace que las estribaciones occidentales de la cordillera reciban en muy poco tiempo los vientos cargados de humedad que se dirigen hacia el este. Otro aspecto que ha marcado la vida en esta área protegida son los innumerables valles que existen, producidos por al avance y retiro de los glaciares hace miles de años. El agua desciende del páramo hacia bosques y ciudades en ambos flancos, originando hacia el oriente los ríos Tomebamba, Mazán y Yanuncay. Todos fluyen al Paute, que alimenta el complejo hidroeléctrico más grande del país. El Tomebamba y el Yanuncay, además, son dos de los cuatro ríos que cruzan Cuenca. Otros ríos importantes son el Luspa, el Sunincocha, el Jerez, el Atugyacu, el Angas y el Yantahuaico.

El parque cuenta con un Centro de Interpretación y salón de conferencias junto a la laguna La Toreadora, así como espacios para acampar y albergues (con capacidad para seis personas).

Senderos autoguiados

Uku. Rodea la laguna de Llaviucu y tiene una distancia de 1,7 kilómetros; ideal para observar aves. Es de baja dificultad para recorrerlo. Se puede practicar la pesca deportiva en sus muelles.

Toreadora. Rodea la laguna del mismo nombre y tiene una longitud de 2,2 kilómetros. El sendero es de fácil recorrido.

Ilincocha. De apenas 300 metros, este sendero atraviesa un pequeño bosque de quínoas y es ideal para la observación de aves.

Rutas temáticas que requieren acompañamiento de un guía.

Naturaleza e Historia Humana. Parte desde la laguna La Toreadora y atraviesa el bosque de quínoas al pie del cerro San Luis, Lagunas Unidas, la laguna Totoras y el camino de García Moreno. Es un recorrido de dificultad moderada de 4,2 kilómetros de longitud.

Cerro de San Luis. Es un recorrido de 2,2 kilómetros, de dificultad alta, que llega a la cumbre de cerro San Luis (4.264 m de altitud); es un importante mirador natural.

El Camino del Inca y lagunas mayores. Esta ruta es de 18 kilómetros. El recorrido es de nivel alto y se la realiza en dos días.

Otras rutas. Valle de Quinuas (8,1 km). Encuentro con las Burines (5,3 km) y la Gran Osohuaycu (12,2 km). Estas rutas permiten conocer varias lagunas del parque y otros atractivos naturales.

El Cajas, un paso natural entre la Sierra y la Costa, ya era utilizado por los cañaris, que habitaron la zona antes de las invasiones incaica y española. Los Incas construyeron un camino, del que hoy se puede recorrer un pequeño tramo, que conectaba Cuenca con la Costa. En la era republicana este camino se reactivó y seconoció como “Camino de García Moreno”. Alrededor del parque se asientan actualmente varios pueblos de ascendencia cañari y mestiza. Una carretera moderna cruza ahora el parque y permite llegar rápidamente desde Cuenca a Guayaquil. Existen varias versiones sobre su nombre. Una dice que viene del kichwa kahas, que significa cerro o cordillera. Otras lo relacionan con valles llenos de pequeñas lagunas y estanques “encajonados” en la montaña. En cualquier caso, el macizo y el Parque Nacional son parte de la tradición y la cultura, que se manifiesta, por ejemplo, a través de numerosas leyendas inspiradas en el paisaje misterioso del área.
Originalmente el área fue declarada en 1977 como Área Nacional de Recreación, pero en 1996 fue cambiada su Categoría de Manejo a Parque Nacional. En 2013 la UNESCO estableció la Reserva de la Biosfera Macizo de El Cajas, que incluye al Cajas como una de sus áreas núcleo.

La mayor parte de El Cajas es páramo mezclado con bosquetes de árboles de papel (llamados localmente quínoas) y lagunas. En las partes bajas, bordeando los 3.200 metros de altitud, hay también bosque andino. Se han registrado 600 especies de plantas vasculares, 43 de mamíferos, 157 de aves (24 de ellas colibríes), 17 de anfibios y 4 de reptiles.
En el páramo hay extensos pajonales, con almohadillas en las zonas más anegadas.
También hay arbustos como senecios, chuquiraguas y borracheras. En algunas lagunas hay totoras, unos juncos que pueden medir hasta un metro y medio, y equisetos o colas de caballo. Hay varias especies endémicas como la sarashima, el papiro de la laguna Toreadora, que es un tipo de junco, y dos especies de valeriana.
Los bosques de árboles de papel son ambientes mágicos donde los troncos rojizos se van descascarando y se mezclan con el verdor de la vegetación. En las zonas de Jerez y Yacutuviana, al oriente del parque, y en Mazán y Llaviucu, al occidente, hay buen bosque andino. El bosque de Mazán está muy bien conservado y se extiende hasta el borde del parque. Allí hay arbustos de pacarcar, shuspilla, bermera o tulapa, mortiño y árboles de canelo. Cerca de las lagunas Toreadora y Llaviucu se pueden encontrar varias especies endémicas del Ecuador, como ratones de páramo, la rata algodonera ecuatoriana y el puerco espín quichua. Uno de los ratones es endémico del Cajas, es decir, no se lo ha encontrado en ningún lugar fuera del parque: el ratón pescador de El Cajas. Otros mamíferos en el parque son conejos, lobos de páramo, venados, chucurillos y pumas.
Entre las aves se pueden observar cóndores, loros, tucanes andinos, pavas andinas, tangaras y colibríes. En las lagunas existen aves acuáticas como el pato andino, el zambullidor y la gaviota de páramo. El azulito altoandino y el pájaro de los quinuales viven únicamente en los bosques de árboles de papel de El Cajas y sus alrededores. La mayoría de anfibios están en el páramo. Hay ranas cutines, ranas marsupiales, ranas cohete, la rana arlequín verde de Mazán, y la rana arlequín de tres cruces, entre otras. Entre los reptiles tenemos lagartijas y guagsas y una especie de serpiente conocida como serpiente corredora del Yanuncay.

Toreadora y Llaviucu

Por la vía Cuenca – Molleturo, las primeras lagunas en aparecer son Llaviucu y la Toreadora. Allí se puede disfrutar del páramo y de bosques de quínoas, que forman paisajes de ensueño. Desde la Toreadora se puede caminar hasta la laguna de Illincocha.

Otras lagunas

Desde La Toreadora parte un sendero al interior del parque hacia otras lagunas. Las primeras que aparecen son las lagunas del valle de Burines, sobre una gran planicie ideal para acampar. Al seguir hacia el sur se llega a Lagartococha y a la Cueva de los Muertos, donde se cree que viajeros y contrabandistas de aguardiente morían de frío. Al sureste de Burines está Taitachungo o Mamamag.

Qhapaq Ñan

Esta ruta que atraviesa el Parque Nacional Cajas antes servía de conexión entre la Sierra y la Costa. El tramo remanente iniciaba en Tomebamba (la actual Cuenca) y culminaba en los paredones de Molleturo, ya fuera del área protegida. Los Paredones son un conjunto de edificaciones prehispánicas que indican que ahí existió un pueblo o sitio de descanso importante Cañari y luego Inca.

Vestimenta. Ropa abrigada, poncho de aguas o chompa impermeable en caso de lluvia o garúa. Calzado apropiado, tipo botines de media caña en caso de caminatas medianas o largas.

Guianza. Algunos sitios requieren el acompañamiento de un guía naturalista certificado por el parque y con licencia vigente. Pueden conducir grupos de hasta 15 personas.
Se recomienda realizar reservaciones y conocer las regulaciones antes de la visita.