El área está dividida en dos sectores. La parte continental cubre 2.094 hectáreas alrededor de los esteros El Morro y El Salado; la parte insular abarca cerca de 8.000 hectáreas y comprende las islas Manglecito, las formaciones rocosas Farallones, el canal del Morro y el agua a su alrededor. El canal del Morro, el paso estrecho localizado entre la isla Puná y el continente, tiene 3 kilómetros de ancho y es la vía de acceso de las embarcaciones al golfo y al puerto de Guayaquil.

En Puerto El Morro existen dos embarcaderos desde donde parten las lanchas para realizar los recorridos acuáticos.

La ruta Isla Manglecito o Isla de Los Pájaros. Partiendo desde Puerto El Morro se llega hasta la isla que está a 8 kilómetros del puerto. En el recorrido se pueden observar delfines y fauna marina. En la isla se observa una gran cantidad de fragatas. Para realizar este recorrido se necesita de un guía naturalista.

Ruta del Canal del Morro. Partiendo del Puerto El Morro se realiza un recorrido de 15 kilómetros hasta la entrada al Canal del Morro. Se pueden observar los delfines costeros y el ecosistema de manglar. Se requiere de un guía para el recorrido. Existen cabañas comunitarias para hospedarse en el recinto Puerto El Morro.

Varias zonas ubicadas alrededor y cerca del estero El Morro y el gran estero El Salado no se libraron de la masiva instalación de camaroneras ocurrida en décadas pasadas. Sin embargo, con la reducción de esta actividad a nivel nacional y la declaratoria como área protegida de una importante franja a ambos lados del estero El Morro, el manglar está en proceso de recuperación. Las comunidades locales que se encuentran aledañas al refugio son consideradas como pobladores ancestrales del manglar; ellos dependen de la pesca y recolección de especies como conchas y cangrejos para su subsistencia. Desde la declaratoria como área protegida, y a medida que se incrementa el turismo en el refugio, los pobladores locales participan también como proveedores de servicios, ya sea mediante el alquiler de botes o trabajando como guías locales.

Los manglares de esta área protegida se caracterizan por estar sometidos al lavado diario de las mareas. Aquí se encuentran cuatro tipos de mangle: el mangle rojo, característico por sus grandes y largas raíces zancudas; el mangle blanco, que tiene flores en forma de campana y sus frutos verdes en forma de copa; el mangle jelí o botón, llamado así por la forma redonda de sus frutos y con flores pequeñas y verdosas, y el mangle negro, con flores también poco llamativas y frutos de forma triangular que al caer al suelo se fijan en el lodo para poder germinar. En la zona de tierra firme, el refugio protege un pequeño parche de bosque seco, un ecosistema propio de la región litoral ecuatoriana, donde existen árboles como el ciruelo, el guasango, el ceibo, el nigüito, el guachapelí, el samán y el algarrobo. Entre la fauna, las aves son el grupo más fácil de observar. Aquí se han reportado cerca de 80 especies, siendo las aves marinas y costeras las más abundantes del refugio. En la isla Manglecito existen dormideros y sitios de anidación de fragatas, pelícanos y piqueros de patas azules. Se calcula que la colonia de fragatas es de 6.000 individuos, lo que la convierte en uno de los sitios de mayor concentración de esas aves en el Ecuador. En el sitio denominado Farallones, a la entrada del estero, destacan las colonias de piqueros patas azules y pelícanos. La otra especie característica del refugio, por su facilidad de observación, es el bufeo o delfín común. Los lugares más importantes para avistarlos son los Farallones frente a Posorja, la entrada de El Morro, el estero Lagarto, el estero El Morro, La Islita y Boca de Posorja.

Observación de delfines

Estos mamíferos marinos tienen la costumbre de acompañar o escoltar a las lanchas que hacen sus recorridos a lo largo de estos canales. El momento más conveniente para observarlos es cuando hay marea intermedia y, con menor frecuencia, cuando la marea está baja.

Isla Manglecito y colonias de aves marinas

Observación de delfines Estos mamíferos marinos tienen la costumbre de acompañar o escoltar a las lanchas que hacen sus recorridos a lo largo de estos canales. El momento más conveniente para observarlos es cuando hay marea intermedia y, con menor frecuencia, cuando la marea está baja. Isla Manglecito y colonias de aves marinas La colonia de fragatas se puede observar en la isla Manglecito norte y en el estero Ayalán, en el continente. En los Farallones existen pelícanos y piqueros de patas azules y en La Islita del estero El Morro descansan garzas espátula rosada, ibis blancos y cormoranes.

Vestimenta. Ropa ligera y zapatos cómodos, la visita consiste en recorridos en canoa sin desembarcos.