La zona terrestre del parque comprende los territorios de cinco cuencas hidrográficas: las de los ríos Cantagallo, Jipijapa, Salaite, Buena Vista y Ayampe. Las cuencas más importantes por su tamaño son Ayampe y Buena Vista, pues en conjunto representan cerca de las dos terceras partes de la superficie del área protegida. En esa zona se encuentran varios centros poblados: Puerto Cayo, Machalilla, Puerto López y Salango.

A diferencia de otras zonas de la Costa, la topografía de la franja costera de Machalilla cenes muy irregular e incluye varios lugares con acantilados altos de paredes erosionables, playas rocosas donde abundan pequeñas pozas intermareales, en las que se pueden apreciar diversos organismos marinos, así como zonas planas, playas de arena y valles que tienen comunicación directa con el Pacífico.
El área marina presenta bahías y ensenadas, generalmente de aguas tranquilas, y una plataforma continental desde donde emergen las islas e islotes que caracterizan a esta área protegida.

El Centro de Interpretación está junto a las oficinas del parque, en Puerto López. En la comunidad de Agua Blanca hay un museo arqueológico y albergue en cabañas comunitarias. En la playita de Salango existe un centro de interpretación dedicado a tortugas marinas. Los senderos en el parque son:

Bosque del Sol. Se encuentra en la zona de la playa de Los Frailes y el ingreso es 200m a la derecha de la caseta de entrada. Va paralelo a la playa de Los Frailes, pasando por Playa Prieta, Tortuguita y el mirador de Los Frailes. Se necesita un guía para su recorrido de 3,8 kilómetros.

Playita de Salango. Se encuentra cerca de la población de Salango; tiene 1,4 km de longitud y el ingreso es por el centro de interpretación. Se requiere la compañía de un guía para su recorrido.

Ruinas arqueológicas. En la comunidad de Agua Blanca se puede encontrar esta ruta de 2 km. Inicia en el museo de la comunidad y va por las urnas funerarias, las ruinas arqueológicas y la laguna de agua sulfurosa.

Isla de la Plata. Se contratan tours con operadores turísticos autorizados en Puerto López. El recorrido en embarcación es de 22 millas y dura 1h30 aproximadamente; se pueden observar ballenas y otras especies de fauna marina. La isla cuenta con cinco senderos para su recorrido: Punta Machete, Punta Escalera, Acantilados, Fragatas y Patas Rojas.

Las evidencias y sitios aqueológicos que se han encontrado en la zona indican que varias culturas prehispánicas ocuparon este territorio desde hace más de 7 u 8 mil años.

Los valles cercanos a la línea de costa fueron ocupados por los primeros agricultores y cazadores que luego poblaron buena parte del continente. Sin embargo, la referencia cultural más importante de este parque y del sur de la provincia de Manabí, se relaciona con la cultura Manteño – Huancavilca (1500 a. C. – 500 d. C.).

Sus pobladores tuvieron varios caseríos en la región y desde esta zona controlaron y administraron gran parte del comercio e intercambio prehispánico que existió entre el norte y sur del continente.

Además, desarrollaron el arte de la navegación a vela, emplearon grandes balsas y se convirtieron en importantes mercaderes de aquella época.

Las sillas o tronos de piedra, característicos de esta cultura, parecen ser un indicador de su poderío e importancia y hasta la fecha se han encontrado vestigios en lo que se cree fueron sus cenes tros cívico – ceremoniales de la región centro – sur de Manabí, concretamente en los cerros de Hojas y de Jaboncillo, Agua Blanca y López Viejo..

Actualmente existen dentro del parque 12 comunas cuyos pobladores se dedican principalmente a la agricultura.

El Parque protege una gran franja que va desde las cimas de la cordillera costanera de Chonchón – Colonche hasta los ambientes marinos que rodean la Isla de la Plata.

En todos estos paisajes se disfruta de una gran diversidad de flora y fauna.

En el bosque de garúa crecen árboles de amarillo, palo de ajo, fernán sánchez, tillo blanco, tagua o cade y paja toquilla, y una gran cantidad de orquídeas y bromelias. Entre las aves se observan pavas de monte, tucanes, tangaras, carpinteros y trepatroncos.

El guacamayo verde mayor es un ave emblemática de la región. Entre los mamíferos hay tigrillo, jaguar, pecarí o saíno de collar, venado de cola blanca, mono aullador y mono capuchino. En las zonas más bajas de la cordillera se encuentran bosques secos y semisecos. Aquí la vegetación está adaptada a la escasez de agua; una prueba de esta situación es la presencia de cactos, palosantos, muyuyos y guayacanes, así como de los hermosos ceibos. Entre las aves que frecuentan estos espacios están el motmot, el periquito o viviña, el pájaro brujo, el hornero –que construye nidos de barro en las ramas de árboles– y el gavilán valdivia o halcón reidor.

Entre los mamíferos que viven en estos bosques están venados, armadillos, osos hormigueros y murciélagos fruteros. Cerca de las playas hay matorrales con monte salado y realito o rompeolla. Las cuatro especies de tortugas marinas registradas en el Ecuador anidan en las playas del parque: carey, verde, golfina y baula.

En los ambientes submarinos destacan los arrecifes rocosos y las comunidades coralinas, en especial alrededor de la Isla de la Plata. Hay langostas, pepinos de mar, caracoles como los dos pututos y el spondylus u ostra espinosa. Se han reportado 143 especies de peces que incluyen sierra, mero, huayaipe blanco, plumero, varias especies de tiburón (incluyendo el ballena) y los llamativos pez mariposa y pez loro.

Una especie característica de estas aguas es la manta gigante, un pez pariente de los tiburones que puede alcanzar un tamaño de ocho metros. Por la riqueza del área marina, el parque fue declarado “humedal de importancia mundial” por la Convención Internacional Ramsar.

La Isla de la Plata, uno de los sitios más visitados del Parque, ofrece refugio y sitio de anidación para varias aves marinas. Entre las más frecuentes y fáciles de observar están piqueros enmascarados, piqueros de patas azules, fragatas, pájaros tropicales, pequeños petreles y gaviotines, que por lo general revolotean cerca de las playas y rocas.
En la isla también existe una pequeña población del albatros de Galápagos, lo que hace que esta isla y la isla Española sean los únicos lugares donde anidan.

Playa de los Frailes

Es considerada una de las pocas playas que todavía mantiene sus características naturales. Está ubicada entre los poblados de Machalilla y Puerto López. En este sector existe un sendero que recorre el bosque seco y atraviesa las playas de La Tortuguita y La Playita hasta llegar a Los Frailes.

Isla de la Plata

Está ubicada a 40 kilómetros de Puerto López. Existen cinco senderos para recorrerla, observar varias especies de aves y contemplar los acantilados de la isla. En los alrededores se puede observar la biodiversidad marina mediante buceo de superficie, principalmente en los arrecifes Palo Santo y El Faro. La visita requiere la compañía de un guía naturalista autorizado por la administración del parque.

Comuna Agua Blanca

Agua Blanca está ubicada a 5 kilómetros al norte de Puerto López; la comuna mantiene un museo arqueológico con piezas de la cultura Manteño – Huancavilca. En esta zona se han encontrado las famosas sillas de piedra o sillas de poder, por lo que los arqueólogos consideran que aquí funcionó uno de sus centros cívico ceremoniales. Sus pobladores, como se puede observar durante los recorridos, están orgullosos de su pasado y su herencia cultural. En la comunidad existe una gran poza de aguas sulfurosas donde se puede tomar un refrescante baño. El lodo del fondo de la poza ofrece también magníficas propiedades relajantes y es una experiencia reconfortante.

Observación de ballenas jorobadas

Otro atractivo es el avistamiento de las ballenas jorobadas, presentes entre julio y septiembre. Estos mamíferos viajan desde las frías aguas antárticas hasta llegar a nuestras cálidas aguas, en busca de condiciones adecuadas para reproducirse y tener sus crías. Los operadores turísticos que ofrecen los servicios de embarcaciones para observar ballenas, así como los visitantes y turistas deben seguir las normas establecidas.

Vestimenta. Ropa ligera y zapatos cómodos para caminar en los senderos del área. La temporada de observación de ballenas por lo general coincide con los meses fríos por lo que se recomienda llevar ropa abrigada y rompevientos.

Observación de ballenas. Esta actividad se realiza durante los meses de junio a septiembre. Se debe contactar a operadores autorizados por el Parque Nacional.