Esta área protegida se encuentra en la parte central de la provincia de Manabí, en el sistema de colinas y montañas del cabo San Lorenzo, a 26 kilómetros al sur de Manta.
El ambiente terrestre de esta reserva está conformado principalmente por las colinas de Pacoche y otras elevaciones aledañas de menor altitud. Desde estas colinas fluyen corrientes hacia el interior de la provincia, como los ríos Cañas y Los Napos, y el estero Agua Fría. Hacia el occidente fluyen más de diez ríos intermitentes, es decir, que se secan en verano pero que el resto el añoofrecen el líquido vital a los poblados y las especies silvestres que habitan en sus alrededores. Las estribaciones orientales del cerro principal de Pacoche abarcan más de la mitad de la superficie del área protegida.
El área marina se encuentra sobre la plataforma continental y comprende una diversidad de ambientes marino – costeros: plataforma continental de fondos suaves, plataforma continental de fondos duros, arrecifes rocosos, playas arenosas, playas rocosas, playas mixtas y acantilados.

Sendero El Faro. Es un sendero de 1 kilómetro que recorre la zona de bosque seco, con miradores naturales en la zona del acantilado. Es un recorrido de dificultad media, debido a que tiene escalones con pasadizos de cuerdas. En el recorrido se puede admirar una hermosa vista de los acantilados y la zona marina del área protegida.

Sendero Pasaje del Mono. Es un sendero de 1,5 kilómetros que recorre la zona de bosque húmedo, donde en ocasiones es posible observar monos aulladores a corta distancia. Es un recorrido de dificultad media, debido a que tiene escalones con pasadizos de cuerdas. La visita acompañada de un guía es obligatoria.

Desde épocas remotas, la biodiversidad terrestre y marina facilitó la vida de los antiguos pobladores al proveerles alimento, refugio y varios utensilios para sus actividades cotidianas. Los grupos humanos que aquí han habitado desarrollan prácticas de manejo que no han eliminado cobertura vegetal de las colinas circundantes. Sus pobladores han incorporado prácticas agroforestales interesantes, como el cultivo de sombra de frutales, cacao y café; también han incursionado en el cultivo y manejo de especies propias de la zona como son la tagua y la paja toquilla, con las cuales se fabrican varias artesanías. Estas prácticas de manejo ancestrales facilitan que la vegetación de sus colinas mantenga su función vital: captar la humedad del ambiente y formar los cursos de agua. Estos aspectos, entre otros, motivaron la declaratoria de Bosque y Vegetación Protectora por parte del Municipio de Manta. Posteriormente, al conocerse en detalle la riqueza de los ambientes terrestres y de las zonas marino – costeros, el bosque y el área marina aledaña pasaron a conformar el actual Refugio de Vida Silvestre.

La mayor parte del área terrestre está cubierta por bosques secos y ecosistemas semisecos predominantes en esta región. Una característica de esta vegetación es que muchas especies pierden sus hojas, parcial o totalmente, durante la estación seca. A este fenómeno se lo conoce como caducifolia (caída de hojas) y es una forma de adaptación natural que han desarrollado las plantas para evitar la pérdida del agua durante los meses de mayor incidencia de los rayos solares. Algunos de los árboles de esos ambientes son chala, porotillo, molinillo, palo santo, ceibo y sebastián, y también hay palmas como tagua y mocora. Entre la fauna se han reportado dos especies de monos, el aullador de la costa (de color negro) y el capuchino. Otros de los mamíferos que se pueden observar son tigrillos, armadillos de nueve bandas y venados de cola blanca en la parte baja del bosque, así como ardillas, perezosos y osos hormigueros entre las ramas. Hasta el momento se han reportado más de 200 especies de aves.

En el área marina adyacente predominan las aguas poco profundas (hasta los 50 metros), lugar en donde se encuentra una gran variedad de organismos, especialmente invertebrados. Entre los peces, que conforman el grupo marino más estudiado hasta la fecha, se han registrado cerca de 40 especies, figurando entre las más conocidas la corvina de roca, el camotillo, la perela, la cherna, la sierra, el pargo y la carita. El área marina también es frecuentada por mamíferos como la ballena jorobada y varias especies de delfines.

Bosque de garúa

Desde varios sitios de las poblaciones mencionadas se puede acceder a los bosques de garúa de las colinas de Pacoche. Allí se observan aves y en ocasiones monos aulladores. Por la gran variedad de aves, este bosque se ha convertido en un destino frecuente para el aviturismo en el Ecuador. Existen guías locales que conocen las rutas y facilitan la experiencia turística.

Playas y acantilados

La línea de costa anexa al refugio cuenta con 13 kilómetros de playas arenosas y rocosas, así como grandes acantilados igualmente muy atractivos. Las principales son las de Liquiquí, San Lorenzo, San José y Santa Marianita.

Anidación de tortugas marinas

La playa de San Lorenzo forma parte del área protegida y es sitio ideal para descanso por su tranquilidad. Además, durante los meses de septiembre a diciembre es temporada alta de anidación de tortugas marinas y es posible ver pequeñas tortuguitas cuando salen de sus nidos y se dirigen al mar.

Vestimenta. Ropa ligera para caminar en los senderos del área.

Precauciones. Para recorrer el sendero El Faro, se recomienda mantener la distancia del borde de los acantilados para evitar accidentes.