La reserva protege dos cuencas hidrográficas del noroccidente del país, la del río Mataje al norte y Cayapas al sur; de donde se deriva el nombre del área protegida. La cuenca del rio Mataje es binacional ya que la compartimos con Colombia. El rio Cayapas se origina fuera de la reserva.
Sus principales afluentes desde el interior del continente son los ríos Santiago, Ónzole y San Miguel. El sistema del delta que forman ambos ríos en su desembocadura al océano incluye esteros, canales, islas, islotes, bancos de arena y varios tipos de playas.
Un aspecto notable que caracteriza a esta zona es la presencia de aguas cálidas durante todo el año (entre los 26 ºC y 29 ºC), circunstancia que ocasiona que la fluctuación térmica sea la menor que se registra en aguas ecuatorianas; de ahí su gran estabilidad climática.

Dentro del área protegida se encuentra el Centro de Interpretación Majagual. Además,
hay un solo sendero para realizar caminatas dentro de la reserva:
Camino Largo – Casa de Pargo. Es un sendero de 6, 5 kilómetros de dificultad media y en el cual se requiere de guías para recorrer sus paisajes y conocer la vida silvestre
de la zona.
Los siguientes recorridos por río permiten conocer la vida en el manglar.

• La Mongonera – La Trocha. Recorrido de 3 km.
• Caraño – Pichangal. Recorrido de 1 km a través del manglar.
• Sta. Rosa – El Bajito. Recorrido de 2 km.
• Guachal – Los Atajos. Recorrido de 3 km por los manglares.
• Changuaral – Cauchal. Recorrido de 1 km.

Para todos estos recorridos y senderos se necesita el apoyo de un guía.

En los bosques que ahora conforman la reserva y en la zona que la rodea floreció hace más de dos mil años La Tolita, una de las culturas prehispánicas pioneras en el arte de fundir metales. La metalurgia de los Tolita – Tumaco (norte de Esmeraldas y Sur de Colombia) es considerada una de las más exquisitas del continente, tanto por la creatividad en sus diseños como por su habilidad en las técnicas de fundido, soplado y vaciado de metales. Se les considera los pioneros en la fundición de oro y platino. Durante la década de 1980, el manglar fue gravemente afectado en toda la costa ecuatoriana debido a la instalación descontrolada de piscinas camaroneras; como respuesta y a fin de proteger estos manglares, el Estado ecuatoriano los declaró Reserva Ecológica en 1995. Al hacerlo se beneficiaron también varias comunidades afroecuatorianas que habitan en y alrededor de la reserva, para quienes el manglar es su principal fuente de sustento. Del ecosistema recolectan conchas, almejas, ostiones, cangrejos, langostinos, camarones y peces.

Los manglares, dada la gran cantidad y diversidad de nutrientes que reciben, son considerados como uno de los ecosistemas más productivos del mundo.
Aquí crecen los árboles de mangle, unas plantas muy especiales que se han adaptado a vivir en ambientes salinos. Una de las principales características de estos árboles son sus raíces, indispensables para garantizar un buen anclaje al suelo y hacer frente al continuo embate de las olas. También hay otra clase vegetación asociada al manglar, como el nato,un helecho conocido como ranconchal y las bromelias.
Los grandes laberintos de raíces aéreas pertenecen en su mayoría al mangle rojo; entre ellas se acumulan sedimentos y se forma el fango que sirve de hábitat a moluscos y crustáceos como la concha prieta, el ostión, la almeja, el piacuil y varias especies de cangrejos. Las aguas del manglar, ricas en nutrientes, ofrecen refugio a varias especies de peces, especialmente juveniles. Entre los más conocidos y apreciados encontramos rayas, sierras, bacalaos, corvinas, lisas, pargos y róbalos.
Uno de los grupos más abundantes y fáciles de observar es el de las aves marinas: pelícanos, fragatas, cormoranes, garzas y martines pescadores, entre muchas otras.
Atraídas por la abundancia de alimentos y lugares para anidar, el número de aves marinas que se encuentra en este ecosistema es increíble. Aunque son menos evidentes y más difíciles de observar, también hay varias especies de mamíferos: el osito lavador o cangrejero, el armadillo de nueve bandas, el tigrillo, el perezoso, la nutria, la guatusa, el oso hormiguero e inclusive el venado de cola blanca y las tatabras o saínos.

Los manglares y sus laberintos

El gran atractivo de la reserva son los manglares que crecen en la desembocadura de los ríos al mar. Ahí, las plantas y animales están acostumbrados a vivir en esa mezcla de agua dulce y salada. Los manglares están conectados por canales o esteros que sirven también como vías de acceso desde las poblaciones de San Lorenzo, Borbón, La Tola y Valdez (Limones). Los canales que más se usan son los de El Pailón, Boca de Mataje y Bolívar. El manglar más notable está junto a San Lorenzo y se llama Majagual.

Isla de los pájaros

Frente al canal de Bolívar, a esta isla llegan a descansar o aparearse miles de pelícanos, garzas, gaviotas, piqueros de patas azules, patillos, fragatas y otras aves.

La Tolita

Otro gran atractivo es el sitio arqueológico La Tolita. En el sur de la reserva se han encontrado vestigios de la cultura del mismo nombre, que vivió en la zona entre los años 500 a. C. a 500 d. C. El sitio tiene varias tolas, pequeñas elevaciones que cubren tumbas donde el difunto se enterraba con cerámica, joyas de oro y platino, y alimentos que lo acompañaban en su tránsito hacia la otra vida.

Vestimenta. Ropa ligera y botas de caucho para caminar en los senderos del área.
Qué llevar. Protector solar, repelente contra insectos, cámara fotográfica y/o binoculares y suficiente agua