El origen de la laguna de Limoncocha respondea un fenómeno relativamente frecuente en la cuenca amazónica. Muchos ríos, en especial los de mediano tamaño y con buen caudal, se desbordan durante la estación lluviosa e inundan las riberas y zonas contiguas. Cuando las lluvias disminuyen, el agua se retira hasta la próxima estación lluviosa. Posiblemente lo que ocurrió en esta zona fue que el río Napo inundó terrenos planos; cuando retrocedió, quedó el agua acumulada en lo que hoy es la laguna. Este posiblemente sea el origen de la laguna, sin embargo existe también una fuerte teoría que propone la existencia de un acuífero que alimenta la laguna, puesto que en época seca la laguna permanece con agua, lo contrario que ocurre con otras lagunas amazónicas.

En el centro administrativo y de registro de visitantes se encuentra un auditorio o sala de reuniones; en la zona de amortiguamiento existen hospedajes en cabañas de la comunidad de Limoncocha. En la laguna existe un muelle desde donde se realizan los recorridos en bote a remo.
Sendero Caimán. Tiene 2 kilómetros de longitud y se interna entre la vegetación que crece alrededor de la laguna.

Alrededor de la reserva viven indígenas kichwa, sobre todo en la ribera del río Napo (donde los suelos son fértiles y aptos para la agricultura). En la actualidad los kichwas pueblan toda la ribera del río Napo hasta la frontera con el Perú, pero antiguamente vivían mayormente en el Alto Napo, que es la zona de Archidona y Tena. Durante la época colonial, por varias circunstancias, migraron y se asentaron río abajo.

Hoy mantienen sus chacras, espacios de cultivo para alimentar a su familia y donde siembran plátano, yuca, camote y caña de azúcar. También cazan, pescan y recolectan frutos.

Los nombres de las dos lagunas de la reserva están en lengua kichwa amazónico y hacen referencia al color del agua. Limoncocha significa “aguas verdes” y Yanacocha “aguas negras”. Hay referencias acerca de que la laguna de Limoncocha antes se llamaba Capucuy, que es el nombre de una heliconia o platanillo muy abundante en sus orillas.

Los estudios realizados en la reserva indican la presencia de tres ecosistemas: acuáticos, conformados por las lagunas y ríos; inundados, que se encuentran en las riberas de ríos y lagunas, y, en las zonas mas alejadas, el bosque húmedo tropical de tierra firme. Los inventarios revelan la notable existencia de 144 especies de aves, 55 de mamíferos, 39 de reptiles, 53 de anfibios y 93 de peces.
En las zonas pantanosas que se encuentran hacia el sur de la reserva crece la palma de morete o moriche, una especie característica de estos ambientes y que se encuentra en toda la cuenca amazónica. En la época de fructificación de la palma, que ocurre durante los meses de inundación o invierno, una gran cantidad de loros, guacamayos y monos permanecen en estas zonas para aprovechar la abundancia de comida. Las aves son el grupo más representativo y fácil de observar; se destacan varias especies de garzas y el singular hoatzín o pava hedionda, una especie de colores llamativos y que se encuentra en las orillas donde crece su alimento preferido: una planta conocida como “chirimoya de agua”. Sumergidos en el agua viven caimanes negros, caimanes de anteojos y peces como corvina de río, bocachico y tucunari.
Lejos de las lagunas, en los terrenos que no se inundan, crecen los grandes árboles del bosque de tierra firme, como son los ceibos, los cedros y los sangre de gallina. También hay palmas como la tagua, la chambira, y el pambil, utilizadas por los indígenas kichwa como alimento y para construir sus casas.

Laguna de Limoncocha

Es el principal atractivo de la reserva junto con el bosque tropical que la rodea y se inunda periódicamente. A su alrededor hay gran diversidad de aves fáciles de observar en el día: guacamayos, loros, garzas, patos, hoatzines y martines pescadores. A los caimanes es más fácil verlos en la noche desde pequeñas embarcaciones a remo, llamadas quillas, y con la ayuda de guías naturalistas.

Islas y playas del río Napo

Desde aquí se puede admirar el gran río amazónico, explorar en busca de huellas de mamíferos y ver cómo vuelan los guacamayos y los loros.

Comunidad kichwa de Pompeya. Se encuentra fuera de la reserva en una isla en la mitad del río Napo. Aquí funciona el Centro de Investigaciones Culturales
de la Amazonía Ecuatoriana (CICAME) que incluye un Museo Etnográfico donde se puede conocer más acerca de las nacionalidades siona, secoya, cofán, kichwa de la Amazonía y Waorani.

Vestimenta. Ropa ligera y botas de caucho para caminar en los senderos del área.