La parte alta de la cordillera del Cóndor está conformada por mesetas con bordes rectos de piedra caliza y arenisca que caen abruptamente hacia el bosque circundante, similares a los tepuyes que se encuentran en el Escudo Guayanés de Venezuela y Guyana.
Sobre los 1.300 metros de altitud, estas mesetas se cubren de bosque nublado, también único en su tipo, con árboles bajos y tupidos de musgos. Una gruesa capa acolchada de hojas, ramas y otros restos de materia orgánica cubre el suelo.

Estas áreas, dada la lejanía a centros poblados y la dificultad de acceso no cuentan con facilidades para la visita turística. La visita con fines científicos y de investigación debe ser solicitada y coordinada con el Ministerio del Ambiente.

Las áreas protegidas de la cordillera del Cóndor son notables desde el punto de vista histórico. La cordillera fue escenario del último enfrentamiento bélico entre el Ecuador y el Perú en 1995, que culminó con el Acuerdo de Paz entre ambos países en 1999. Parte de los compromisos fue establecer dos “Parques de Paz” en ambos lados de la frontera. En el Perú se creó el Parque Nacional Ichigkat Muja, un área continua de 152.873 ha que protege la cordillera del lado peruano. En Ecuador se crearon cuatro áreas que abarcan poco más de 41.000 ha. En las elevaciones de la cordillera nacen corrientes que alimentan los grandes ríos del sur de la Amazonía ecuatoriana: Zamora, Santiago y Namangoza. La zona es extremadamente húmeda por la condensación de la humedad que asciende desde los boques bajos amazónicos que rodean la cordillera.
En la zona de influencia de estas reservas existen varios centros shuar. Ubicados en la zona baja están los poblados de Gualaquiza, Santiago, El Pangui, Yanzatza y Paquisha, desde donde se puede acceder a pie a la cordillera.
En el año 2009 la Reserva Biológica Cerro Plateado, el área protegida más sureña de la cordillera, entró a formar parte dela Reserva de Biosfera Podocarpus-El Cóndor junto a los Parques Nacionales Podocarpus y Yacuri.

Los escasos estudios realizados revelan una impresionante biodiversidad que podría superar todos los récords. Su posición ha permitido una mezcla de especies amazónicas y andinas, pero además se ha registrado un increíble número de especies endémicas. Estas montañas están formadas por arenisca, un tipo de roca muy diferente a los que forman la cordillera andina. Por ello se ha desarrollado un tipo de suelo distinto donde crece un muy particular bosque enano y un falso matorral seco. Según estudios botánicos, la cordillera podría tener una flora más rica que cualquier otra área de similar tamaño, con 2.030 especies registradas hasta el momento de un total estimado de 4.000. En aves iguala al inmenso Yasuní, con 613 especies. Solamente en los últimos cinco años se han descubierto varias especies nuevas para la ciencia, entre ellas 65 de orquídeas, una musaraña marsupial y una de las pocas plantas carnívoras del Ecuador. La vegetación es distinta en los valles que en las partes altas. Los valles, por donde se abren paso los ríos, se cubren de grandes árboles como el colorado o guarea y el pambil, y por helechos arborescentes. En las partes altas de la cordillera hay árboles como aguacate de monte, canelo, romerillo y una enorme cantidad de epifitas como bromelias y orquídeas. Sobre la Reserva Biológica Cerro Plateado, al sur de la cordillera, incluso hay pequeñas islas de páramo en medio de bosques amazónicos. La fauna en las partes más bajas, sobre todo en la R.B. Cerro Plateado, es típicamente amazónica: hay mono araña, jaguar, tapir amazónico, puma; en los ríos está la ágil y escurridiza nutria pequeña. En las partes altas, en cambio, hay oso de anteojos, monos nocturnos y un ratón marsupial endémico de la cordillera. La lista de anfibios y aves es extensa; en especial en anfibios presenta varias especies endémicas o únicas para el lugar.