Manglares Churute está localizada en la margen occidental del estuario que el río Guayas forma cuando desemboca en el golfo de Guayaquil.

La frontera norte de la reserva se encuentra aproximadamente a 15 kilómetros hacia el sur de Guayaquil y Durán. Tiene una superficie de 49.389 hectáreas, lo que la convierte una de las reservas marino – costeras más grandes del Ecuador continental. Esta superficie incluye seis islas: Matorrillos, Los Ingleses, Los Álamos, Malabrigo, Cabeza de Mate y Churutillo.

La reserva contiene una mezcla de diversos ecosistemas: los manglares, que son básicamente miles de hectáreas de árboles creciendo en aguas salobres; planicies que se inundan con la marea; una gran cantidad de esteros y brazos de mar; la laguna de agua dulce El Canclón, y varios cerros pertenecientes a la cordillera de Churute y que llegan hasta los 680 metros de altitud sobre el nivel del mar.

En el área administrativa hay una zona para acampar y cabañas para hospedarse; aquí también se encuentra el área de picnic. Los senderos y recorridos de más de 1 kilómetro requieren de la asistencia de un guía y son:

Laguna El Canclón. Esta trocha natural recorre 1 kilómetro desde el área administrativa hasta la laguna El Canclón, observando las especies de flora y fauna nativa, así como el paisaje que presenta la laguna.

La Flora. Recorre 300 metros desde Puerto La Flora hasta el Muelle, pudiéndose observar el bosque del manglar, madrigueras de cangrejos y aves de las riberas del río. Es un recorrido de dificultad baja que termina en la caseta de interpretación.

El Mirador. Son 600 metros de recorrido en los cuales se pueden observar los cerros Churute, la laguna de El Canclón y las actividades agrícolas del recinto El Mirador, desde una altura de 70 metros.

Aulladores. Se recorre 1,4 kilómetros a través del bosque seco tropical y se pueden observar monos y aves propias de la zona. El recorrido es de nivel medio.

El Mate. Es un recorrido de 2,6 kilómetros y de dificultad media. Se pasa del bosque seco al nublado, llegando a una altura de 340 metros. Durante el trayecto se puede observar varias especies de aves e inclusive ardillas y monos aulladores.

Ruta en el estuario del río Churute. Es un recorrido de tres horas por vía fluvial; parte de Puerto La Flora y llega a la isla de las Garzas, atravesando el bosque del manglar, varias islas pequeñas y observando aves acuáticas.

Ruta al río Ulpiano. Es un recorrido de una hora en el cual se pueden apreciar gran cantidad de aves, las diferentes especies de manglar y las actividades de pesca artesanal.

La reserva tiene una larga historia de asentamientos humanos. Las culturas Valdivia, Chorrera, Guangala, Jambelí, Guayaquil y Milagro poblaron la zona hace más de 4.000 años.

Se han encontrado varios restos arqueológicos y también dejaron camellones y tolas en las planicies y faldas de los cerros y en la laguna El Canclón.

Los camellones son plataformas elevadas construidas sobre suelos inundables con el fin de cultivar sobre ellas. Las tolas son montículos de tierra que se usaban como tumbas o base de viviendas, y para ceremonias o puestos de vigilancia.

Dentro de Manglares Churute hay 11 comunidades que ya estaban presentes cuando se empezó a proteger el área, cuyos derechos han sido respetados.

Sus pobladores se dedican principalmente a la agricultura, la pesca y la captura de mariscos, en especial del cangrejo rojo o guariche; estas actividades se realizan en zonas establecidas y en coordinación con la administración de la reserva.

Debido a la cercanía con la ciudad de Guayaquil y a la existencia de senderos y rutas acuáticas que permiten recorrer la reserva, se ha incrementado la visita a esta área protegida, beneficiando también a los pobladores locales quienes ofertan varios servicios para los visitantes.

El principal ecosistema que protege la reserva es el manglar, que cubre el 60% del territorio.

En la reserva existen cinco de las siete especies de manglar reportadas en el país: mangle rojo, mangle blanco, mangle negro, mangle jelí, y mangle colorado o gateado.

Al igual que en el resto de zonas, el mangle rojo, que se caracteriza por sus grandes raíces aéreas, es el más abundante. En las zonas de tierra firme y hacia la parte alta de los cerros contiguos se encuentran los bosques secos propios de esta parte de la Costa, donde crecen árboles como el guayacán, la tagua, el moral bobo y el palosanto. Al ser una reserva que protege una extensa zona de humedales, existe una gran  diversidad de peces, moluscos y crustáceos.

Entre los últimos hay cangrejos rojos, jaibas, conchas prietas, mejillones y ostiones. Uno de los grupos más característicos es el de las aves. Existen más de 300 especies, incluyendo aves acuáticas como garzas, cormoranes e ibis, así como aves migratorias como zarapitos y chorlitos que, durante la época de invierno y frío del hemisferio norte, llegan a esta zona donde es más fácil conseguir alimento y refugio.

También son representativas de la reserva las aves de los bosques secos, algunas de las cuales tienen distribución restringida a este ecosistema.
Entre los mamíferos se han reportado especies propias de la zona costera como murciélagos, zarigüeyas, perezosos y mapaches cangrejeros, también llamados ositos lavadores. Es además uno de los pocos lugares del golfo donde se encuentran animales más grandes y amenazados como jaguares, tigrillos, monos aulladores, puercos saínos, cocodrilos y caimanes.

Laguna El Canclón

Es uno de los sitios más importantes de la reserva debido a la cantidad de aves de agua dulce que habitan en el sitio. El ecosistema de la laguna es distinto al que se encuentra en los manglares costeros, típicos de aguas más saladas; la visita a la laguna es una oportunidad para comparar las diferencias entre un ambiente boscoso seco y los bosques de orilla. En la laguna también se encuentra la colonia de canclones, el ave emblemática de la reserva.

Flora y fauna del manglar

Existe una amplia red de senderos y recorridos acuáticos de varias longitudes y duraciones. Estos senderos, algunos de los cuales requieren guías naturalistas autorizados por el Ministerio del Ambiente, permiten observar la flora y la fauna del área, especialmente los tipos de bosque de manglar y la gran cantidad de aves, lo que permite realizar la actividad de aviturismo.

Los bosques secos y de garúa

Ascendiendo a los cerros de la cordillera de Churute se pueden observar diferentes tipos de bosque. Al suroeste de la reserva está el cerro El Mate, que tiene un sendero que atraviesa matorrales, bosque seco y bosque húmedo. La fauna típica de esta zona incluye gavilanes, ardillas y monos aulladores. Al noroeste está el cerro Pancho Diablo, que recorre principalmente el bosque más húmedo.

El Estuario

Incluye un recorrido acuático que atraviesa tres esteros y termina en la Isla de los Ingleses. Este recorrido permite observar las colonias de aves acuáticas típicas de las zonas de manglar; entre los meses de mayo y agosto también se puede encontrar los delfines que frecuentan estas aguas.

Vestimenta. Ropa ligera y botas de caucho para caminar en los senderos del área.