El principal sistema hidrográfico en esta región está conformado por el río Chone, que recoge las aguas de doce diferentes ríos que descienden desde la cordillera costanera hasta desembocar en el océano Pacífico. En el estuario, y debido a la gran cantidad de material que los ríos arrastran desde las zonas altas, es frecuente la formación de bancos de sedimentos. Las islas Corazón y Fragatas se formaron por la acumulación de este material en la desembocadura del río Chone. La Isla del Sol, que se encuentra en el área de ampliación del refugio, también tiene este origen.

En la Comunidad Puerto Portovelo hay facilidades para el ingreso al área: centro administrativo y de visitantes, muelle de zarpe y desembarque. Existen los siguientes senderos y rutas de visita:

Sendero Isla Corazón. Recorrido fluvial de 250 metros a través del manglar. Para este trayecto se requiere del acompañamiento de un guía.

Túnel del Manglar. Recorrido fluvial de 1 kilómetro que atraviesa la Isla Corazón; el trayecto se hace en canoa de remos hasta llegar a la colonia de fragatas. Es un recorrido de dificultad media que requiere de un guía que acompañe el recorrido. Se lo puede visitar únicamente durante marea alta.

Zona de recreación. Tiene una distancia de 2 kilómetros; se pueden realizar kayak, canotaje, pesca artesanal y observación de aves. Va desde la punta de Isla Corazón hasta la zona de bajos, frente a comunidad de Puerto Portovelo.

Playa Isla del Sol. El acceso a la isla se realiza desde los muelles de San Vicente, Bahía de Caráquez y Puerto Portovelo; se llega al playón de Isla del Sol frente al puente

Los Caras. El acceso es en marea baja. Se pueden realizar actividades como kayak, natación, observación de aves, caminata y descanso en la playa.

Isla Fragatas. El uso del sitio se encuentra habilitado solamente para actividades con fines de educación ambiental e investigación.

Desde tiempos antiguos, las comunidades ribereñas que vivieron cerca del estuario del río Chone mantuvieron una economía basada en el uso del ecosistema de manglar: de él se extrajeron madera, carbón, peces y mariscos. Estos productos fueron una invalorable fuente no solamente de alimentos sino de material para la construcción de sus viviendas, e inclusive de inspiración para cuentos, leyendas y amorfinos, tan propios de la cultura montubia. Esta dinámica se vio alterada con la gran destrucción del manglar que inició a finales de 1970 y que fue drástica durante la década de 1980. Durante esos años se deforestaron las riberas del estuario, quedando tan solo unos pocos remanentes de manglar, incluyendo los que ahora conforman este Refugio de Vida Silvestre.
En la actualidad el manglar está siendo reforestado y con esto se han recuperado también las prácticas ancestrales como la pesca y la recolección de mariscos por parte de las comunidades que habitan en sus alrededores.

En el refugio existen varias especies de árboles de mangle: blanco, negro, y rojo.
Un dato curioso es que éstas no son parientes cercanas y pertenecen a familias botánicas diversas, cada una adaptada a condiciones muy particulares. El mangle rojo es el más abundante y se puede reconocer porque forma verdaderos laberintos con sus raíces, y porque su semilla tiene una adaptación singular: empieza a soltar raíces mientras está todavía adherida a la planta madre. Luego se desprende y cae al agua o al lodo. Al poseer ya sus primeras raíces, tiene mayor posibilidad de agarrarse al sustrato y crecer. Las zonas estuarinas como la del rio Chone, con sus canales y laberintos de raíces, reciben y acumulan una gran cantidad de nutrientes. Esta fuente de alimento no se concentra únicamente bajo los árboles sino que, gracias al influjo de las mareas, se distribuye en las planicies lodosas aledañas. Como consecuencia su fauna es muy variada pues contiene infinidad de organismos microscópicos: invertebrados más grandes como conchas, caracoles, camarones y cangrejos; una gran variedad de peces como sierra, corvina, pargo, róbalo y lisa; algunos pocos reptiles y mamíferos, y más de 100 especies de aves, que son el principal atractivo del refugio. Las especies más notables son las fragatas con su gran colonia, ibis blanco, ibis morito, ostrero americano, garza azul, garza nocturna, cormoranes y los siempre familiares pelícanos.

Isla Corazón

Se ofrecen paseos en canoa y caminatas guiadas sobre un sendero elevado que atraviesa el manglar. En esa isla se puede observar la gran colonia de fragatas y otras aves marinas y costeras. Durante la época de reproducción de las fragatas, este paseo es particularmente atractivo porque los machos llenan de aire su bolsa gular roja para atraer a las hembras.
Observar el cortejo durante las épocas de anidación es una experiencia inolvidable; se contempla cómo cada macho realiza movimientos de galanteo y cortejo desde ramas altas, hasta lograr que una hembra lo acepte.

Vestimenta. Ropa ligera, zapatos o zapatillas cómodas para caminar en los senderos elevados que posee el área.