La reserva se encuentra entre las ensenadas de Atacames en el norte y Mompiche en el sur. El área marina –que es la razón de ser de esa reserva– incluye desde aguas someras, ubicadas sobre plataforma continental, hasta zonas ubicadas a 800 metros de profundidad, donde ya no llegan los rayos solares. Esta zona es uno de los pocos lugares de la costa continental ecuatoriana donde sitios a 200 metros de profundidad se encuentran muy cerca del litoral, es decir, apenas a 11 kilómetros de la línea de costa.

La mejor manera de visitar la zona marina es mediante recorridos en lanchas de los pobladores locales.
Ruta Marítima Galera-San Francisco. Este recorrido bordea la costa continental entre Punta Galera y el cabo San Francisco. Se observan aves marinas y se pueden realizar actividades de pesca vivencial, de caña y de altura. Se debe ir acompañado de guías locales.

Alrededor de la reserva se encuentran varios poblados que por sus actividades económicas son considerados por el Instituto Nacional de Pesca como “caletas pesqueras”: Galera, Estero de Plátano, Quingue y San Francisco. De estas las más importantes son Galera y San Francisco, donde se captura gran parte del volumen total de pesca de la zona. La mayoría de las especies se comercializan en los mercados locales, principalmente Muisne, Atacames, Súa y Esmeraldas.
Un hecho muy importante de esta área protegida es que en su declaratoria participaron activamente las comunidades que la rodean. Esta reserva marina es una de las cuatro que existen en el país; todas son importantes tanto por la riqueza y abundancia de peces e invertebrados, como por la función que cumplen al convertirse en espacios donde especies con valor comercial se reproducen y sus poblaciones se recuperan.

La reserva protege tres tipos de ecosistemas: marinos, costeros y de estuarios.
Ecosistemas marinos. Los arrecifes rocosos, las zonas coralinas y los ambientes de aguas profundas son sin duda su rasgo más sobresaliente. De estos, los arrecifes destacan por su extraordinaria biodiversidad y porque se cree que albergan la comunidad más importante de coral negro del Ecuador continental. Algunas de las peces son el ángel de Cortez, el loro jorobado, el pargo amarillo, el ángel real, el roncador y la corvina de roca. Entre los mamíferos marinos se hallan el delfín nariz de botella o bufeo, el delfín manchado, el delfín de hocico corto y la ballena jorobada; esta última llega a las costas del Ecuador entre junio y septiembre de cada año.

Ecosistemas costeros. Son los acantilados y los diferentes tipos de playas que existen dentro de la reserva. Aquí, por ejemplo, se ha reportado la presencia y anidación de cuatro especies de tortugas marinas: baula, carey, verde y golfina. En la zona intermareal, que es la zona que queda descubierta cuando la marea está baja, se pueden observar pulpos, erizos, estrellas y pequeños caracoles.

Ecosistemas de estuarios. Se encuentran en las desembocaduras del estero Galeras y de los ríos San Francisco y Bunche. Aquí se han creado ambientes estuarinos ideales para el crecimiento del manglar.

Playas de arena y playas con pozas intermareales

Más de la mitad de los 37 kilómetros de línea costera que tiene la reserva corresponden a playas de arena. Se accede por una vía que pasa por los poblados de Galera, Estero del Plátano, Quingue, Caimito y Cabo San Francisco. En todos ellos hay playas que, además de ser hermosas, son también sitios de anidación de tortugas marinas, por lo que el turismo debe observar todas las normas para la protección de sus sitios de anidación. En Estero de Plátano y Quingue hay playas de roca que pueden recorrerse durante la marea baja; en cada poza se descubre un pequeño mundo submarino donde habitan pulpos, erizos, anémonas, lirios de mar, churos y pequeños peces.

Ballenas jorobadas

Cada año, entre junio y septiembre, la visita de las ballenas constituye otro importante atractivo. Las ballenas se reproducen frente a las costas ecuatorianas y su presencia es aprovechada para el turismo.

Vestimenta. Ropa ligera y zapatos cómodos para los recorridos en las embarcaciones.
Qué llevar. Protector solar, repelente contra insectos, cámara fotográfica y/o binoculares y suficiente agua.
Recorridos en lancha. Para acceder al recorrido marítimo se debe contactar con las asociaciones de pesca legalmente reconocidas.