La reserva se encuentra en la zona norte de la Amazonía del Ecuador e incluye las cuencas hidrográficas de tres importantes ríos: el Cuyabeno al noroeste, el Lagartococha al este (a su vez límite fronterizo con el Perú) y el Aguarico que atraviesa la RPF Cuyabeno de oeste a este.
A pesar de que el bosque húmedo tropical de tierra firme es el ecosistema más abundante en la reserva (y de la Amazonía en general), son los ecosistemas inundados contiguos a los ríos Cuyabeno y Lagartococha lo que distingue a esta área protegida de las otras en la región oriental.
Para conocer algo más de la geografía de esa reserva y comprender la dinámica de estos bosques es necesario familiarizarse con los dos tipos de ríos que existen en la Amazonía y que también están presentes en la reserva: los de aguas blancas y los de aguas negras. Los de aguas blancas se originan en la cordillera y, al descender hacia tierras bajas, arrastran gran cantidad de sedimentos que le dan al agua color habano-amarillento, como la del Aguarico. Las zonas inundadas temporalmente por esta agua se llaman varzéas y son ricas en sedimentos, por lo que son preferidas para la agricultura. En contraste, los ríos de aguas negras nacen en la misma selva y su color es oscuro por la presencia de ciertas sustancias provenientes de la descomposición del material vegetal que cae en sus aguas. Un ejemplo son los ríos Cuyabeno y Lagartococha.
Las zonas inundadas por estos ríos, conocidas como igapós, pueden permanecer inundadas durante varios meses cada año.

Sector río Cuyabeno y Laguna Grande:

Alrededor del sistema lacustre y río Cuyabeno existen varios campamentos donde hospedarse.

Alrededor de la Laguna Grande hay varios senderos:

Palma Roja. Circuito de 1,6 km de longitud que recorre el bosque tropical no inundado y parte del bosque inundado, característico de la reserva. Dificultad media.

El Saladero. 

Ruta de 1,7 km de longitud que recorre las lagunas y el bosque no inundado.
Termina en un saladero o lodazal donde se puede observar infinidad de guacamayos, loros y varios mamíferos. Dificultad media. Copal. Recorrido de 2,5 km de longitud que recorre el sistema lacustre, los ríos y el bosque tropical inundado y no inundado. Dificultad media.

Sector río Aguarico y Lagartococha:

La comunidad indígena siona de Puerto Bolívar, a orillas del río Cuyabeno, la comunidad cofán de Sábalo, a orillas del río Aguarico y la comunidad kichwa de Zancudo, a orillas de Zancudococha, tienen actividades de turismo comunitario. Se puede recorrer el bosque tropical, realizar paseos en canoa por los ríos y adquirir artesanías.

El territorio que actualmente ocupa la reserva ha tenido presencia humana desde hace mucho tiempo. Antiguamente las cuenca del río Aguarico estaba habitada por los “encabellados”. Los cronistas españoles llamaron así a estas personas que usaban largas cabelleras muy adornadas.
Los sionas y los secoyas que hoy viven dentro de la reserva descienden de los antiguos encabellados quienes vivían en zonas distintas. Los sionas vivían más hacia el norte, en el área comprendida entre los ríos Aguarico y Putumayo, en el límite fronterizo entre Ecuador y Colombia.
Los secoyas, en cambio, habitaban las riberas del Napo en el lado peruano; en 1940 migraron a las riberas del río Aguarico, presionados por la industria cauchera. Los cofanes ocupaban, y todavía lo hacen, las cuencas altas de los ríos Aguarico y San Miguel. Los actuales pobladores de la comunidad Cofán de Sábalo bajaron por los ríos y en 1972 se asentaron en la parte central de la reserva.
Existen también varias comunidades kichwa, en especial a lo largo del río Aguarico, en la zona conocida como Playas de Cuyabeno -en su encuentro con el Aguarico- y en la zona de Zancudo, en el extremo este de la reserva.

El bosque de tierra firme que cubre la mayor parte de la reserva es muy biodiverso; sin embargo, aquí nos referiremos únicamente a la flora y fauna de los ambientes acuáticos, que son los que caracterizan a Cuyabeno. El guarango de agua, el árbol más representativo, crece en canales y bordes de lagunas inundadas por aguas negras (igapós).

Laguna del Cuyabeno 

A la zona más visitada de la reserva se accede navegando por el río Cuyabeno. La Laguna Grande, como su nombre indica, es la de mayor superficie de las 14 que existen en el sector. Desde ésta, por pequeños canales, se pueden visitar algunas otras como Caimancocha, Mateococha o Canangüeno. A su alrededor se encuentran varios senderos que se internan en el bosque de tierra firme. Los más visitados son Palma Roja, Saladero de dantas y Quebrada la Hormiga.

Lagartococha

El río Lagartococha marca la frontera con el Perú y el límite oriental de la reserva.
Navegar por este río y sus pequeños canales es una experiencia difícil de olvidar, tanto por el paisaje que ofrece la selva inundada, como por la variedad de fauna silvestre que se encuentra, en especial aves y monos. Aquí se pueden recorrer varias lagunas, en especial Imuya, Redondodocha y Delfincocha.

Zancudococha

La laguna más grande de la Amazonía ecuatoriana se encuentra en la parte más baja de la reserva, a un costado del río Aguarico. Su nombre, sorprendentemente, en realidad viene del vocablo sionasecoya soncorai, que significa “laguna del sonco” en referencia a un pececito que aquí abunda. Cerca de la laguna se encuentra la comunidad Kichwa de Zancudo, que mantiene un programa de turismo comunitario.

Comunidades indígenas

Alrededor de las comunidades indígenas Siona de Puerto Bolívar, a orillas del río Cuyabeno, y de la comunidad Cofán de Sábalo, a orillas del río Aguarico, se puede recorrer el bosque tropical, realizar paseos en canoa por los ríos y adquirir artesanías locales hechas con semillas y otros productos del bosque.
 

Vestimenta. Ropa ligera y botas de caucho para caminar en los senderos del área.
Guianza. El ingreso a la reserva se debe hacer únicamente con operadoras de turismo autorizadas por la reserva y que cuenten con guías naturalistas certificados.