Los Ilinizas son dos cumbres hermanas de un solo origen, parte de un gran volcán antiguo que se dividió. Los suelos que cubren la reserva son de origen volcánico relativamente reciente. La gran altitud que alcanzan sus cumbres permite la existencia de dos zonas bien marcadas: hacia el occidente, por la humedad que viene del Pacífico, se trata de suelos y vegetación más húmedos, mientras que en las estribaciones que dan hacia el callejón interandino los suelos son más arenosos y con poco agua. A este fenómeno en el que las montañas obstaculizan el paso de las nubes se le llama “sombra de lluvia”, pues gran parte de la humedad queda retenida en un lado de la montaña y el otro lado recibe solamente vientos secos.

Dentro de la reserva también se encuentran los volcanes Corazón, llamado así por su forma de corazón invertido, y Quilotoa, donde se encuentra el lugar más visitado de la reserva: una laguna de aguas de color turquesa

Existe un mirador en el borde del cráter y muy cerca de éste se encuentran un centro artesanal y varios lugares que ofrecen servicios de alimentación y hospedaje. En la  comunidad de Shalalá existe otro mirador en el borde del cráter.

Los principales senderos de la reserva son:

Laguna de Quilotoa: Desde el borde del cráter hasta la laguna hay una distancia de 2 kilómetros. Se puede realizar a pie o a lomo de yegua. Además existe un servicio de renta de kayaks para recorrer la laguna.

Yagual: Tiene una longitud de 4 kilómetros y atraviesa un bosque de árboles de papel, miradores naturales y hermosos paisajes. Es de di!cultad media y termina en el sector de La Arista.

Termas de Cunuyacu: Desde el sector de El Progreso se toman buses hasta el barrio El Milagro, donde se alquilan camionetas que llegan a Cunuyacu. Desde aquí se toma un sendero de 500 m que atraviesa una cascada y permite acceder a las aguas termales de una piscina natural.

La historia antigua de la región incluye la presencia de etnias como Chibchas, Cayapas– Tsáchila y Quijos, llegadas desde la Costa y la Amazonía. En una lengua antigua, Iliniza parece signi!car “cerro macho”. Antes de la llegada de los Incas, lo que es el área protegida era parte de una región dividida en cacicazgos como Tacunga, Mulliambato, Píllaro, Quisapincha, Panzaleo y otros. Durante la Colonia gran parte de los terrenos de esta zona pasaron a formar parte de extensas haciendas, especialmente en la zona andina. Algunas de estas todavía se mantienen y están dedicadas mayormente a la ganadería y la agricultura. Alrededor de la reserva existen varias comunidades campesinas e indígenas que se dedican a labores agropecuarias.

La reserva cuenta con bosques subtropicales, bosques andinos y páramos, por lo que su biodiversidad es considerable. En los bosques subtropicales hay tigrillos, armadillos y cusumbos, entre los mamíferos; hay una gran variedad de aves como tangaras, trepatroncos y colibríes. El puma es uno de los felinos de los bosques subtropicales que pueden subir hasta los páramos, igual que el oso de anteojos. En los bosques andinos se encuentra un mamífero considerado raro y en peligro de extinción: la pacarana, también llamada guanta con cola. Es un roedor de hábitos nocturnos y de tamaño mediano que busca la base de árboles grandes para construir su madriguera. En los páramos y zonas altas se encuentran el lobo de páramo y el venado de cola blanca.

Los bosques de neblina que están dentro de la reserva constituyen un refugio natural para muchas especies; entre las más llamativas se encuentran las aves. Hay pavas, perdices, tucanes, colibríes y búhos pigmeos o mochuelos ecuatorianos, que miden apenas 16 centímetros; también está el tororoi, un ave rechoncha de patas largas que busca insectos en el piso del bosque. En esos bosques también se ha registrado a una de las aves singulares y difíciles de observar: el loro orejiamarillo. Se trata de un ave en peligro crítico de extinción debido que construye sus dormideros y nidos en troncos de las palmas de cera o de ramos, especie que, por su uso durante la Semana Santa, también es cada vez más escasa

En cuanto a la vegetación, en las partes más cálidas hay palmas como la chonta y la tagua, matapalos, porotones y helechos gigantes. A medida que se asciende se encuentran árboles de romerillo y cedro, muy apreciados por su madera, además de arrayanes y tilos. En los páramos hay bosques de árboles de papel, chuquiraguas, pajonales, chochos de monte y mortiños, que se mezclan con extensiones de arena desnuda y le dan un aspecto lunar al paisaje. Alrededor de la laguna del Quilotoa crecen chilcas, zapatitos, lecheros y cactos.

Los Ilinizas

A pesar del plural, los Ilinizas son las dos cumbres de un mismo volcán. Se piensa que antiguamente eran una sola elevación, pero las constantes erupciones volcánicas partieron la cumbre en dos picos afilados. La cumbre sur es más alta y ancha (5.263 metros de altitud) y está siempre cubierta de nieve. Esto hace que su ascenso sea más difícil que el ascenso a la cumbre norte, de 5.125 metros de altitud, y casi siempre sin nieve. Subir a cualquiera de los dos picos estará recompensado con la maravillosa vista desde lo alto.

Volcán Corazón (4.788 m)

Es llamado así porque parece un corazón clavado en la cordillera. Hay un sinnúmero de pinturas y dibujos de los siglos XVIII y XIX que lo muestran nevado, pero hoy se cubre de nieve únicamente en días y noches de intenso frío. Subir al Corazón es relativamente fácil y los andinistas experimentados lo utilizan como montaña de aclimatación, antes de escalar las cumbres más altas de nevados como el Cotopaxi, el Cayambe o el Chimborazo.

Laguna y cráter del Quilotoa

Notable por el color verde esmeralda de sus aguas y porque se encuentra dentro de la caldera del volcán Quilotoa. Tiene 250 metros de profundidad y su agua es helada, pero tiene ligeras corrientes de agua caliente debido a la actividad volcánica. Desde el borde de la caldera parte un sendero que llega hasta la orilla de la laguna. Los minerales que le dan el color verde y los gases volcánicos impiden que vivan peces o anfibios en la laguna, o que aves acuáticas la visiten; por supuesto, hacen que el agua no sea buena para beber. La última erupción del Quilotoa fue en el siglo XVIII.

Vestimenta. Ropa abrigada, poncho de aguas o chompa impermeable en caso de lluvia o garúa. Calzado apropiado, tipo botines de media caña en caso de caminatas medianas o largas