El área contribuye a la conservación de la cabecera de la cuenca amazónica y a los ecosistemas de páramos y bosques montanos orientales. Presenta fuertes pendientes que originan un relieve bastante irregular, con numerosas quebradas que recogen la alta precipitación de los bosques, alimentando caudalosos y cristalinos ríos como son el Tena, el Chalupas y el Colonso; los dos últimos dan nombre al área debido a su importancia en el territorio.
Estos ríos forman parte de la vertiente oriental de la cordillera de los Andes conocida en el sector como Guacamayos.

Debido a que es un área recientemente creada no cuenta con facilidades para la visita turística. La visita con fines científicos y de investigación debe ser solicitada y coordinada con el Ministerio del Ambiente.
Al lado oriental del área protegida, en lo que antes fuera el Bosque Protector Colonso, existen varios senderos que suman una longitud superior a 10 km y un mirador con potencial turístico, desde donde se puede apreciar la ciudad del Tena.

Colonso – Chalupas protege principalmente páramos y bosques montanos de las estribaciones amazónicas. En los bosques existen árboles de más de 400 años de edad, tiempo que demoraron en alcanzar diámetros superiores a 1 m; los chuchos, por ejemplo, tienen una de las copas más altas de bosque, y en ellos vive una importante variedad de aves. Además, dentro del bosque aún se pueden observar árboles de canelo e ishpingo, que son saborizantes naturales. El canelo es un árbol con madera de consistencia dura, que era extraído para la construcción de casas. Hasta la fecha se ha registrado 40 frutos comestibles dentro de esta área. Una palma que tiene varios usos es el pambil: antes se usaban las hojas para hacer flechas de cacería, sus frutos se usan para hacer artesanías, y de sus troncos se recolecta el chontacuro, una larva comestible.

Dentro de la fauna destaca el grupo de los anfibios; precisamente una de sus especies, la rana venenosa ventrimanchada (Dendrobates ventrimaculatus), se
encuentra representada en el logotipo del
área protegida.

Los principales recursos y atractivos del área son la gran diversidad que existe en los bosques montanos amazónicos y las zonas de gran valor paisajístico y recreativo como los ríos y encañonados. Sin embargo, por la falta de vías de acceso, no se puede llegar a la mayoría de estos lugares.
Por lo tanto, su principal valor para la recreación y el turismo es paisajístico, al contar con amplias zonas montañosas cubiertas de vegetación nativa. Esto se puede observar en el sector denominado Guacamayos, en la vía Baeza – Archidona; esta zona casi siempre está cubierta por una densa neblina donde ahora sabemos se esconde un bosque diverso y lleno de vida.

Vestimenta. Zona alta: ropa abrigada, poncho de aguas o chompa impermeable en caso de lluvia o garúa. Calzado apropiado, tipo botines de media caña en caso de caminatas medianas o largas. Zona baja: ropa ligera y botas de caucho para caminar en los senderos del área.