El río Napo, uno de los principales afluentes del gran río Amazonas, fluye por el norte del parque, mientras que el Curaraylo hace por el límite s ur. Entre ambos ríos existe una compleja red formada por los ríos Tivacuno, Tiputini, Yasuní, Nashiño, Cononaco y Tigüino, que conforman la cuenca baja del Napo. En medio de este laberinto de ríos se encuentran más de un millón de hectáreas de bosques tropicales que conforman este parque nacional.
Un recorrido por la topografía del Yasuní nos revela sus diferentes ambientes. En la parte central y occidental del parque hay planicies amplias con pequeñas colinas bordeadas por riachuelos y ríos medianos.
Las riberas de los ríos y las planicies cercanas se inundan periódicamente cuando la lluvia arrecia, enriqueciéndose de los nutrientes acarreados. Las colinas, en cambio, jamás se cubren de agua, y sobre ellas y otras zonas no inundables crece el bosque de tierra firme. En el otro extremo del parque, cerca de la frontera con el Perú y alrededor de las desembocaduras de los ríos Yasuní y Tiputini, el suelo es poco permeable, por lo que el agua de la lluvia se acumula y forma extensos pantanos donde abundan las palmas morete.

Las principales facilidades para la visita se encuentran a lo largo del río Napo dentro de varias comunidades kichwa: Añangu, Nueva Providencia, Indillama, Llanchana y Mandaripanga.
También se puede visitar el sector de Tambococha donde se encuentra una guardianía del PNY.

Comunidad de Añangu
Existe el centro de interpretación Kuri Muyo, una área de acampar y cabañas.
Sendero Mirador. Inicia en la guardianía de Añangu y recorre 4 kilómetros (ida y vuelta). Es de dificultad baja.
Sendero de Pericos. Recorre 1 kilómetro por el bosque tropical hasta el saladero o lodazal de los pericos, donde se puede observar infinidad de aves y mamíferos. Es de dificultad baja.
Sendero Kuri Muyo. Recorre 100 metros desde el Centro de Interpretación Kuri Muyo hasta el mirador del saladero de pericos. Dificultad baja.

Comunidad de Nueva Providencia
Existe el centro de interpretación Yaku Kawsay y la laguna de la comunidad.
Sendero Amaru Ñambi. Es un recorrido de 1,3 kilómetros desde el centro de interpretación hasta la laguna. Dificultad baja.

Comunidad de Indillana
Existen cabañas y senderos de recorrido. Sendero Indillama. Es un recorrido de 10 kilómetros (ida y vuelta) en el que se conocen desde un ceibo gigante hasta el saladero de tapires. Dificultad media por la extensión.

Comunidad de Llanchana
Existen cabañas y un sendero hacia la laguna Encantada (Aprox. 1 km.)

Comunidad de Mandaripanga
Se puede visitar las lagunas de Rumiyacu, Aguillayacu, Amarunposa y Myllaycocha.

Sector Tambococha
Aquí se encuentra una guardianía o puesto de control del PNY, una zona para acampar y dos senderos
Sendero de las Dantas. Conduce a la laguna de Tambococha
Sendero Pumañambi. Conduce a la laguna de Jatuncocha.

Toda el área comprendida entre los ríos Napo y Curaray era hogar de pueblos cazadores – recolectores seminómadas relacionados con la cultura y lengua waorani.
Los waorani vivían recorriendo toda el área, cazando, recolectando frutos y manteniendo pequeños sembríos; en 1969 fueron confinados y agrupados en una zona a la que se le denominó “protectorado”, ubicado en las cabeceras del río Curaray.
Los clanes que no aceptaron vivir en el protectorado ni renunciar a su tipo de vida son la semilla de los Pueblos Indígenas en Aislamiento Voluntario. Hoy, al occidente del parque se extiende el Territorio Waorani, que cubre solamente una parte de su territorio ancestral, mientras la parte norte del Yasuní está concesionada a varias empresas petroleras.
Otros habitantes del parque son indígenas kichwa de la ribera del río Napo, que habitan al norte del área protegida, y una población itinerante de estudiantes e investigadores que trabajan en las dos estaciones científicas que se ubican dentro del parque y en su área de amortiguamiento.

Yasuní es un santuario de biodiversidad. Las investigaciones realizadas en la última década reflejan cifras impresionantes no registradas antes en ninguna otra área de bosque tropical de la región y aunque los datos podrían variar con el transcurso de los años,  nos dan una idea de lo que alberga este parque nacional: más de 2.000 especies de árboles y arbustos, 204 especies de mamíferos, 610 especies de aves, 121 de reptiles, 150 de anfibios y más de 250 especies de peces.
En una hectárea del Yasuní, por ejemplo, se reportaron 650 especies de árboles, lo que representa más que las encontradas enen toda Norteamérica. El bosque de tierra firme, aquel que no se inunda, constituye el principal ecosistema del parque.
En la gran alfombra verde del Yasuní hay árboles que pueden alcanzar 50 metros de altura y con troncos de más de 1,5 metros de diámetro. Además de su extraordinario tamaño, algunos, como ceibos, sangres de gallina y canelos, forman raíces enormes que se abren en triángulo en la base del árbol. Otros, como sangres de drago, cruz caspi, chunchos y cacaos de monte, de igual o menor tamaño, carecen de estas singulares raíces. Entre los grandes árboles encontramos también un grupo de plantas muy abundantes en los bosques tropicales: las palmas. Son frecuentes las chontas, chambiras, ungurahuas y pambiles.
Yasuní es hogar de 12 especies de monos; los hay desde los más grandes, como arañas, chorongos y aulladores, hasta el mono más pequeño del mundo, el leoncillo o mono de bolsillo. También tenemos los chichicos bebeleche, llamados así por sus hábitos de chupar la savia de ciertos árboles. Otros mamíferos son el jaguar, el felino más grande de América, y el capibara, el roedor más grande del mundo. También hay pumas, tapires amazónicos, osos hormigueros, saínos o chanchos silvestres, y mamíferos más pequeños como guatines, venados, tigrillos y cusumbos. Las aves son otro grupo espectacular. En grandes bandadas cruzan los cielos los coloridos guacamayos y loros. Entre el follaje de las plantas saltan los tucanes, sigchas, comemoscas, carpinteros, trepatroncos y gran variedad de colibríes. En el suelo caminan los trompeteros y los tinamúes. Sobre las ramas de arbustos y hierbas se agazapan las ranas arborícolas de color verde intenso y enormes ojos; en el suelo, bajo hojas y piedras, están las diminutas ranas nodrizas que cuidan las puestas de huevos. En los ríos y lagunas, como Añangu y Tambococha, viven los delfines rosados, pequeños delfines grises, manatíes y nutrias gigantes. Cerca del agua hay infinidad de garzas, hoatzines y cormoranes, así como las tortugas charapas. En los ríos también vive la gigante anaconda y una gran variedad de peces como cachamas, paiches, palometas, bocachicos, bagres, sábalos y tucunaris.

Laguna y comunidad de Añangu

La laguna es de aguas negras y tranquilas, lo que la hace parecer un espejo. Se localiza en la comunidad kichwa de Añangu, al norte del parque, y en la ribera del río Napo.
Es posible navegar en canoa por la laguna, visitar el Centro de Interpretación Kuri Muyo y caminar por varios senderos que recorren el bosque tropical.

El bosque de tierra firme

La exuberante vegetación que cubre este bosque hace pensar que los suelos amazónicos poseen una gran capa de suelo fértil. Sin embargo, la capa es muy delgada y los suelos son pobres en nutrientes: la riqueza están en la vegetación y en un delgado estrato que se forma con las hojas, ramas, flores, frutos y cortezas que caen y cubren el suelo. Aquí se encuentra un verdadero ejército de seres diminutos que procesan constantemente la materia orgánica; de esta manera, los nutrientes no tienen tiempo de acumularse, sino que regresan de inmediato a la vegetación, produciendo esa exuberancia y verdor. El bosque de tierra firme cubre la mayor parte del PN Yasuní y se lo puede recorrer en las comunidades asentadas en la ribera del río Napo, como Añangu, Nueva Providencia, Indillana, Llanchana o Mandaripanga.

Tambococha y laguna de Jatuncocha

Estas dos lagunas se encuentran dentro del parque y se accede a ellas desde Nuevo Rocafuerte.

Nueva Providencia

En esta comunidad kichwa en la orilla sur del río Napo encontramos el Centro de interpretación Yaku Kawsay. Desde allí parte un sendero que recorre el bosque tropical.

Guianza. El ingreso al parque se debe hacer únicamente con operadoras de turismo autorizadas y que cuenten con guías naturalistas certificados.
 

Vacunas. Para ingresar al parque se deben portar las vacunas contra la fiebre amarilla y el tétanos.