Las islas son el resultado de miles de años de acumulación de sedimentos traídos por los ríos Daule y Babahoyo. Como todas las islas sedimentarias, Santay y Gallo son planas; en época de invierno, durante las crecidas importantes del río Guayas, se inundan de manera temporal.
La riqueza de sus suelos fue una de las razones para que en el pasado se establecieran varias haciendas agrícolas y se desarrollaran extensos campos de cultivo de arroz.

Actualmente existe un sendero de recorrido mixto (terrestre y fluvial) y un restaurante para los visitantes. El recorrido requiere de un guía del lugar. Estero Huaquillas. Este recorrido tiene una extensión de 1 kilómetro, con un nivel medio de dificultad. Una parte atraviesa una trocha natural, (sendero afirmado); otra parte se recorre de forma fluvial (isla Gallo). Se transita por zonas de bosque seco, y se puede observar el manglar, aves y reptiles propios de la zona.

La historia de Santay está íntimamente relacionada con la de la ciudad de Guayaquil. Uno de los acontecimientos más antiguos de los que se tiene referencia tiene que ver con los ataques de piratas y filibusteros que sufrió esta ciudad durante los siglos XVII y XVIII. Como testimonio de esta época existe una descripción de la isla realizada por el pirata William Dampier en 1684. Posteriormente, durante las epidemias que azotaron la ciudad durante los siglos XVIII y XIX, Santay fue sitio de cuarentena para embarcaciones que arribaban al puerto. Más tarde fue utilizada como fondeadero para la limpieza y el mantenimiento de las embarcaciones. Se tiene conocimiento de que su ocupación permanente se produjo hace más de 100 años, cuando se establecieron haciendas guaganaderas y productoras de arroz. La mayoría de los pobladores actuales de la Isla son descendientes de los antiguos trabajadores de estas haciendas. En el 2010, la isla Santay y la isla Gallo (un pequeño islote al lado oriental) fueron declaradas Área Nacional de Recreación por el Ministerio del Ambiente.

La ubicación geográfica de las islas, en medio de dos ciudades altamente pobladas (Guayaquil y Durán) y la existencia de vegetación de manglar, han sido los factores principales para que se conviertan en un refugio natural para especies cada vez más raras alrededor de Guayaquil. En el caso de las aves, se han registrado 107 especies, lo cual certifica su condición de refugio natural. Debido a esto, Santay ha sido reconocida como un humedal de importancia internacional o sitio Ramsar.
Las características principales de Santay son los manglares y sus aves, pero un recurso importante y poco conocido es la vegetación nativa que crece al interior de las islas en zonas de tierra firme. En esta zona se han registrado varias especies de arbustos nativos de los ecosistemas secos y semisecos del litoral, ya muy escasos en las inmediaciones de la ciudad. Árboles como el palo prieto, el cascol, el porotillo, el guaganaderas chapelí y el fernán sánchez están presentes en este refugio.
Estos bosques ofrecen también protección a un sinnúmero de especies de mamíferos poco frecuentes y sensibles a la presencia humana, como osos hormigueros, mapaches cangrejeros y venados de cola blanca.

Flora y fauna de manglar

Los manglares de las islas se pueden admirar navegando por los esteros Huaquillas, Del Amor y Matilde, y por el canal frente a la isla Gallo. En las orillas de las islas y esteros se pueden ver varias colonias de aves marino – costeras. Cerca del estero Matilde se localizan los restos de una de las antiguas haciendas.

Mirador natural de Guayaquil

Desde la comunidad de San Jacinto de Santay se pueden apreciar el río, el centro de la ciudad, los cerros Santa Ana y el barrio Las Peñas.

Ecoaldea

Al momento están abiertos al público la Ecoaldea y un centro de crianza del cocodrilo de la Costa, especie en peligro de extinción.

Vestimenta. Ropa ligera y botas de caucho para caminar en los senderos del área.
Visitas de estudiantes. Los grupos escolares y colegiales pueden visitar el área de miércoles a viernes, entre las 10h00 y las 12h30.